Logo synodu jest zmodyfikowanym logo diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. W jego górnym półokręgu widnieje napis II Synod Diecezji Koszalińsko-Kołobrzeskiej.
Z prawej strony widoczne są kontury konkatedry pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kołobrzegu i katedry pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Koszalinie. Wizerunek tej pierwszej, inaczej niż w rzeczywistości, jest nieco mniejszy od kościoła katedralnego, co wskazuje na pierwszeństwo stolicy biskupiej. Konkatedra przedstawiona jest w pewnym oddaleniu, co w perspektywie historycznej nawiązuje do utworzenia biskupstwa w Kołobrzegu w roku 1000.
Oba kontury łączy krzyż, który jest zwrócony ku morzu, oznaczonemu u podstawy koła czterema falistymi pasami w kolorze niebieskim. Ilość tych pasów odnosi się do czterech Ewangelii, co wskazuje na misyjny i ewangelizacyjny charakter nadbałtyckiej diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Krzyż jest znakiem obecności Kościoła katolickiego na tych ziemiach, a przedstawiony jako łącznik stanowi znak wspólnoty ludzi zamieszkujących tę diecezję.
W lewej górnej części koła znajduje się symboliczne odzwierciedlenie płomienia w kolorze pomarańczowo-czerwonym. Jest to nawiązanie do zawołania pierwszego biskupa diecezji – kardynała nominata Ignacego Jeża (1914-2007), które brzmiało: Veni ignem mittere - "Przyszedłem rzucić ogień" (Łk 12, 49). Kolor pomarańczowo-żółty jest poświatą tego płomienia, co oznacza, że Kościół koszalińsko-kołobrzeski realizuje cele wyznaczone mu od początku jego istnienia.
Autorką logo jest Małgorzata Ścigaj.